Las aulas de Villa Alarife pueden cubrir una demanda de hasta 25 alumnos. Son amplias, con grandes ventanas en los lados, permitiendo una adecuada ventilación e iluminación con luz natural, los techos están diseñados para mantener el ambiente templado y fresco.

Todas las aulas de secundaria cuentan con una computadora, proyector multimedia y pizarra interactiva.